- Lipidomics
Speaker: Johan Swinnen – KU Leuven
Lipid merupakan molekul dengan berbagai fungsi seperti senyawa pembangun membrane bilayer dan tempat penyimpanan energi. Lipid juga merupakan komponen penting pada Extracellular Vesicles (EV), dimana lipid berperan dalam pembentukan atau biogenesis dari EV. Namun, menganalisa konten lipid dalam EV terbilang kompleks, banyak faktor yang masih menjadi tantangan dalam lipidomic. Lipid memiliki berbagai spesies yang berbeda dalam struktur kimianya, menentukan teknik isolasi, isolasi lipid umumnya menghasilkan jumlah yang sedikit, resiko kontaminasi dengan molekul yang memiliki karaketristik yang mirip dengan lipid.
Lipid juga menjadi prospek sebagai biomarker untuk diagnosis penyakit dengan menganalisa perubahan konten lipid dalam EV. Maka dari itu analisa konten lipid dalam EV sangat diperlukan untuk dikembangkan lebih jauh melalui bidang lipidomic.
- Proteomics and Bioninformatic Analysis of EV Protein Content
Speaker: Suresh Mathivanan – La Trobe University
               Protein merupakan salah satu konten yang terkandung dalam Extracellular Vesicles (EV), menganalisa konten protein baik dalam EV maupun perubahan konten protein dalam sel yang menerima EV menjadi hal yang menarik untuk dikembangkan.
Analisa protein di dalam EV dapat dikerjakan menggunakan Teknik berbasis Mass Spectrometry (MS). Namun teknik ini memiliki banyak tantangan seperti diperlukannya normalization. Pentingnya normalisasi dalam menganalisa protein dalam EV karena EV memiliki berbagai jenis dengan ukuran yang berbeda seperti small EV, large EV, dan apoptotic body. Normalisasi dapat dilakukan dengan menyamakan jumlah sel atau jumlah konsntrasi protein.
Mass Spectrometry mengukur ion dengan rasio massa terhadap muatan. Hasil dari MS dapat dianalisa menggunakan program yang akan mengidentifikasi protein tersebut. Apabila protein tidak dapat dideteksi dengan MS, maka ada alternative lainnya untuk mendeteksi protein seperti western blot atau confocal microscopy. Hasil dari MS dapat disajikan dalam bentuk diagram venn, heatmap, atau volcano plotting.
- EV Nucleic Acid Content
Speaker: Kendall Van Keuren-Jensen – City of Hope
Extracellular Vesicles (EV) juga mengandung asam nukleat, seperti Extracellular RNA (exRNA), namun konten asam nukleat dalam EV dapat berubah tergantung pada teknik isolasi, sumber biofluid, teknik deteksi, serta teknik analisa. Konsentrasi exRNA juga bervariatif pada setiap biofluid. Maka dari itu, exRNA dapat digunakan untuk mempelajari penyakit dengan menggunakan sampel Cerebrospinal Fluid (CSF) atau plasma.
               Menganalisa exRNA juga merupakan hal yang kompleks, pada saat isolasi exRNA hasil atau konsentrasi dari RNA yang dihasilkan sangat bergantung pada kit yang digunakan. Selain itu, pada saat isolasi EV, populasi EV yang dihasilkan juga bergantung pada kit yang digunakan. Sama seperti isolasi RNA, teknik sequencing juga akan menghasilkan set RNA yang berbeda tergantung pada kit yang digunakan. Tantangan yang terakhir adalah analisis, terdapat berbagai jenis RNA yang memiliki sekuens yang mirip sehingga dapat menimbulkan bias. Maka dari itu, diperlukan metode analisis yang tepat.
- Bioinformatic Analysis of EV RNA Data
Speaker: Joel Rozowsky – Yale University
ExceRpt merupakan sebuah program untuk menganalisa extracellular RNA (exRNA) yang memiliki ~5000 dataset sekuens exRNA dan ~5000 sekuens small RNA dan dapat memisahkan sekuens sampel dengan sekuens kontaminan. Prinsip kerjanya adalah, pertama sekuens sampel akan dilakukan pemetaan dalam library yang akan disejajarkan dengan sekuens ribosomalRNA (rRNA), kemudian dengan sekuens berbagai bakteri, fungi, tumbuhan, rostista, vertebrata, dan virus. Kedua,sekuens akan disejajarkan dengan endogenous sekuens dan exogenous miRNA dan rRNA. Terakhir, pohon filogenetik akan terbentuk berdasarkan dari hasil pemetaan.
